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É um município banhado pelas águas do rio Uruguai fazendo fronteira fluvial com a Argentina.
Sua economia é marcada pela agricultura familiar e pesca no rio Uruguai , este que exerce grande importância para o município, pela presença do porto fluviário da cidade.
Os primeiros habitantes que aqui estiveram foram os índios Guaranis povoadores das encostas do Rio Uruguai, como provam os destroços e outros objetos indígenas encontrados no município, principalmente em localidades de Linha Roncador, Linha Borboleta e Lajeado Bugre no ano de 1906. Esses objetos aqui encontrados estão expostos no Museu Municipal de Porto Lucena, ao qual Porto Vera Cruz pertencia antes de desmembrar-se.
O maior afluxo de colonos deu-se a partir da década de 20 até meados de 40. Eram em geral, colonizadores de descendência alemã, italiana, polonesa e russa, vinham com barqueiros da época em função do comércio. Por outro lado elementos humanos provindos da Republica Argentina fixaram-se nesta zona limítrofe.
Em 1943, quando o comércio começou expandir-se no atual território do município, vieram habitantes oriundos de Cerro Largo, Santo Cristo e posteriormente de Santa Rosa, famílias Andrade, Fandalin, Mieth, Marotis, Hilleshein, Schmitt, Adams, Dhein, Petrazzini, Barbosa, Pedroso, Seimetz e Rigo e com eles se estabeleceu o primeiro comerciante o Sr. Pedro Andrade.
Em 1944 com a chegada do Padre no município fundou-se a Sociedade Religiosa denominada Capela Santa Cruz, logo após a escola, cujo primeiro professor foi o Sr. Bandeira Marotis na época de 1947. Com a sociedade religiosa e escolar já fundadas e instituídas no povoado houveram várias críticas dos atuais moradores ao nome Lajeado Cafundó, os quais juntamente com o Padre fizeram a troca para Vera Cruz e posteriormente Porto Vera Cruz.
Em 1990 iniciaram os movimentos emancipacionistas. Acontecendo a emancipação política e administrativa em 1992 através da Lei nº 9.588 de 20 de março de 1992. A instalação aconteceu dia 1º de janeiro de 1993. O município desmembrou-se dos municípios de Porto Lucena, Alecrim e Santo Cristo. Tem uma extensão de 112 Km², localizando-se no Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul, banhado pelo rio Uruguai e dista 600 Km da Capital Porto Alegre. A economia do município de Porto Vera Cruz tem sua base na agricultura, pecuária e no comércio e está em desenvolvimento as agroindústrias, o artesanato, a pesca entre outros. Porto Vera Cruz é sem dúvida um dos município da região Fronteira Noroeste que possuem grandes recursos para serem explorados pela atividade turística entre eles a corredeira do Roncador, corredeira do Chico Alferes, o Paredão de Pedras a Ilha dos Bugres e o ecoturismo.
Os principais eventos que acontecem no município são a Festa de Nossa Senhora dos Navegantes com procissão e passeio de lancha, promovida pela Igreja Católica com apoio da Prefeitura Municipal. A Semana do Município com a tradicional Festa do Dourado e Feira Municipal promovidos pela Prefeitura Municipal, o rodeio crioulo promovido pelo Piquete Chegada do Rio Grande com apoio da Prefeitura Municipal, o Jantar do Peixe com preparo de vários pratos a base de peixe, promovido pela Associação dos Pescadores com apoio da Emater e Prefeitura Municipal, a Semana Farroupilha e a Festa das Frutas.
A rede escolar conta com 02 escolas estaduais e 03 escolas municipais.
O primeiro mandatário do município foi o Sr. Albino Ferreira Roque e após o Sr. Léo Thume; o segundo mandatário foi o Sr. Doalcir Roque Segat; o terceiro e quarto mandatário do município o Sr. Delfor Barbieri, a quinta mandatária e atual a Sra. Vanice Helena Andrade de Matos.