Alex, o Naza já te deu a dica. Só troca o que apodreceu. Se a madeira tem marcas de infiltrações porém não está podre, não precisa trocar. O ideal é passar algum selador para madeiras para proteger caso tenha mais alguma infiltração no futuro. Papel de parede finalizará o acabamento, porém não adianta colocar papel de parede sobre madeira podre ou em parede com infiltração.