Localizado no Extremo-Oeste do Paraná, Mercedes é um dos 51 municípios que compõem essa região, às margens do Lago Internacional de Itaipu, na fronteira do Brasil com o Paraguai. Faz divisa ao Norte com os municípios de Guaíra, Terra Roxa e Nova Santa Rosa; ao Sul, Leste e Sudoeste com o município de Marechal Cândido Rondon e, ao Oeste faz limite internacional com a República do Paraguai. Sua extensão territorial compreende 146,40 km², se considerado a superfície territorial inundada pelas águas do reservatório de Itaipu Mercedes possuiria uma extensão de 200,8 km², encontrando-se em média a 400 metros acima do nível do mar.